В каком размере ИП платит налог за продажу автотранспорта компании?

Положения пункта 17.1 статьи 217 Налогового кодекса РФ, в соответствии с которым освобождаются от налогообложения налогом на доходы физических лиц доходы от продажи имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, не распространяются на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности.

То есть доход от продажи грузового автотранспорта является доходом от предпринимательской деятельности и подлежит налогообложению, в Вашем случае, единым налогом в связи с применением упрощенной системы налогообложения по ставке 6%.